读书笔记

发育生物学
第一章·新个体的形成——发育的组织化机制
发育（Development）：呈现多细胞生物体逐渐变化的缓慢过程，包括受精、卵裂、原肠胚形成、器官发生、变态、再生和衰老
合子（Zygote）：多细胞生物发育起始的一个单细胞，即受精卵
胚胎学（Embryology）：对动物发育进行研究的学科
分化（Differentiation）：细胞多样化的产生
形态发生（Morphogenesis）：分化的细胞创建有序的形态，涉及协调性的细胞生长、细胞迁移和细胞死亡
干细胞（Stem Cell）：动物中具备再生能力，成体中也能形成新的结构的细胞
胚胎发生(Embryogenesis)：从受精到孵化（或出生）的这段时期
受精（Fertilization）：成熟的性细胞之间的融合
配子（Gamete）：精子和卵子的统称
原核（Pronucleus）：配子细胞核，每个核只含有物种特异的总染色体数目的一半
卵裂（Cleavage）：紧接着受精后发生的一系列特别快速的有丝分裂
卵裂球（Blastomere）：卵裂过程中体积巨大的合子细胞质被分割成大量的小细胞
囊胚（Blastula）：卵裂结束后卵裂球形成的一个球
原肠胚形成（Gastrulation）：有丝分裂速度减慢后，卵裂球开始显著运动改变相互之间的位置进行全面的细胞重排
原肠胚（Gastrula）
胚层（Germ Layer）：胚胎的三个不同区域逐渐形成一些分化的细胞和特定的器官系统
外胚层（Ectoderm）：表皮、脑、神经的前体（色素细胞）
中胚层（Mesoderm）：结缔组织、肌肉、血细胞、心脏、骨骼、生殖腺、肾的前体
内胚层（Endoderm）：肠内壁和呼吸系统的前体
器官发生（Organogenesis）：三个胚层建立之后，细胞之间相互作用并自身发生重置以形成组织和器官
变态（Metamorphosis）：生物体变成一个性成熟的成体的过程
幼体（Larva）：为了进食和扩散的幼小的生物体
生殖细胞（Germ Cell）：配子及其前体细胞
体细胞（Somatic Cell）：身体的所有其他细胞
配子发生（Gametogenesis）：胚子的发育
胚孔（Blastopore）:原肠胚形成时相对于精子入卵点180°位置的卵表面形成的凹陷，标志胚胎未来的背部
脊索（Notochord）：器官发生时中胚层最背部的区域致密而形成的一个细胞棒，产生化学信号使其上部外胚层细胞形成神经系统细胞
神经胚（Neurula）：脊索时期从一个圆的胚体上隆起的胚胎；脊椎动物包括鱼类、两栖类、爬行类、鸟类和哺乳类在神经胚时期相像
神经管（Neuraltube）：神经前体细胞伸长、伸展，然后褶入胚胎内部而成
体节（Somite）：临近神经管和脊索的中胚层组织分节
减数分裂（Meiosis）
卵生（Oviparity）：出生自卵如鸟、蛙和大多数脊椎动物
胎生（Viviparity）：活生如胎盘哺乳动物
卵胎生（Ovoviviparity）：将卵在体内孵化出来如一些爬行动物和鲨鱼
完全卵裂（Holoblastic）：整个卵被逐渐分成更小的细胞如蛙和哺乳动物，主要有辐射完全卵裂、螺旋完全卵裂、两侧完全卵裂、旋转完全卵裂
不完全卵裂（Meroblastic）：只有一部分卵会变成胚胎的本体另外一部分即卵黄为胚胎提供营养如鸟类
植物极（Vegetal Pole）：富含卵黄的一极，妨碍卵裂
动物极（Animal Pole）：卵黄浓度较低的一极，通常离合子的细胞核较近
均黄（Isolecithal）：卵含有稀疏和均等分布的卵黄，见于海胆、哺乳动物和蜗牛的卵，均完全卵裂
中央卵黄（Centrolecithal）:卵黄位于中央
表面卵裂（Superficial Cleavage）：细胞质的分裂仅发生在卵细胞的边缘，围绕在细胞的旁边
端黄（Telolecithal）：只有一个很小的区域不含卵黄如鸟类和鱼类
盘状卵裂（Discoidal Cleavage）：细胞分裂仅局限在小的细胞质盘上
内陷（Invagination）：一片（上皮）细胞的内折
内卷（Involution）：扩张的外层向内运动，然后在外部细胞的内表面上伸展
内移（Ingression）：单个细胞从表面迁移到胚胎的内部，变成间充质（即相互分离）并独立迁移
分层（Delamination）;一层细胞分成差不多平行的两个细胞层，细胞基础上与内移相似但形成了一个新的（另外的）上皮细胞层
外包(Epiboly)：上皮层（通常是外胚层细胞）作为一个整体（而不是独立的细胞）进行伸展把胚胎的深层细胞包裹起来，由细胞分裂、细胞形状改变或几层细胞互相嵌插以减少细胞层而产生
前-后轴（AP/Anteroposterior Axis）：从头到尾延伸的一条线
背-腹轴（DV/Dorsoventral Axis）：从背面向胸腹面延伸的一条线
右-左轴（Right-Left Axis）：分开身体两个侧面的一条线
冯·贝尔法则：大的动物类群的共同特征在发育过程中更早显示出来；一些不太普遍的特征发育自更为共同的特征然后出现最专有的特征；特定物种的胚胎并不经历比起更低等动物的成体时期；高等动物早期胚胎绝不会像一个低等动物
上皮细胞（Epithelial Cell）：胚胎中互相紧密的连成片状或管状结构
间充质细胞（Mesenchymal Cell）：胚胎中互不连接或互相疏散链接能独立行使功能
细胞凋亡（Apoptosis）：细胞在特定的时间和位置上程序性死亡
细胞谱系（Cell Lineage）：跟踪一些单个细胞观察其变成了什么
命运图谱（Fate Map）：将幼体或成体结构绘制到其起源的胚胎区域
活体染料（Vital Dye）：使细胞染色但不杀死细胞
荧光染料（Fluorescent Dye）
嵌合体胚胎（Chimeric Embryo）：用多于一种遗传背景的组织制备的胚胎
神经脊（Neural Crest）：连接神经管和表皮的过渡性细胞带
绿色荧光蛋白（Green Fluorescent Protein/GFP）
转基因（Transgene）
同源（Homologous）：一些器官的潜在类似性产生于共同的祖先结构
同功（Analogous）：一些器官的相似性在于它们行使类似的功能而非来自于共同的祖先
畸形（Malformation）:由遗传事件基因突变、染色体非整倍性和异位导致的异常
综合征（Syndrome）：两种或多种畸形同时出现的一种状态
干扰（Disruption）：由外界因素一些化学物质和病毒、辐射或高温引起的发育异常
致畸因子（Teratogen）：产生干扰作用的因素
第二章·特征的特化——发育的图式化机制
分化（Differentiation）：细胞停止分裂发育成特定结构基础和明显功能特性的过程
命运定型（Commitment）
特化（Specification）：细胞或组织被放置在中性的发育途径的环境中仍能自主的通过自身进行分化
命运决定（Determination）：细胞或组织即便被置入胚胎的其他位置仍能自主的进行分化
自主性特化（Autonomous Specification）：早期胚胎的卵裂球继承了卵细胞质中的一些关键决定因子
形态发生决定物（Morphogenetic Determinant）：影响细胞发育如转录因子调节基因表达将细胞指向特定发育途径
条件性特化：一些细胞通过与其他细胞相互作用进而获得各自命运的过程
合胞体性特化（Syncytial Specification）：含有很多核的细胞质中预定细胞命运的特化
合胞体胚盘（Syncytial Blastoderm）：被共同的细胞膜包围，很多核共享相同细胞质的胚胎
细胞质决定因子（Cytoplasmic Determination Factor）
转录因子（Transcription Factor）：结合DNA并调节转录的蛋白质
形态发生素（Morphogen）
脑彩虹法（Brainbow）：将不同的细胞用一些可能的颜色标记在一个组织甚至胚胎中鉴别每个独立的细胞（每个荧光蛋白的基因以无活性的状态被转入目的生物的基因组但当接触到Cre重组酶时荧光蛋白基因之间随即重组使其具有活性基于每个细胞中活性荧光蛋白的不同组合所产生的色彩区分不同的细胞）
第三章·差异性基因表达——细胞分化的机制
基因组均等性（Genomic Equivalence）：一个体细胞核与其他体细胞核有相同的染色体以及相同的一套基因
差异性基因表达（Differential Gene Expression）：细胞基于具有活性或被表达的独特的基因组合而产生差异的过程
中心法则（Central Dogma）:通过信息的使用和传递在细胞中产生蛋白质的一系列事件
转录（Transcription）：将DNA复制成RNA
信使RNA（Messenger RNA）：核RNA链通过加工而删除非编码的区域并对RNA链的两端进行保护所产生
翻译（Translation）:mRNA与一个核糖体形成复合物将其携带的信息翻译成一个有序的氨基酸聚合物
基因组（Genome）
染色体（Chromosome）
染色质（Chromatin）：真核生物DNA和蛋白质形成的一个复合物
组蛋白（Histone）
核小体（Nucleosome）：染色质结构的基本单元
异染色质（Heterochromatin）：致密包装的染色质区域
常染色质（Euchromatin）：松散包装的染色质区域
组蛋白乙酰化（Histone Acetylation）：在组蛋白上添加带负电荷的乙酰基团中和赖氨酸的正电荷使组蛋白变得松散启动基因的转录
组蛋白乙酰转移酶（Histone Acetyltransferase）：将乙酰基添加在组蛋白上（尤其是H3和H4的赖氨酸上），使核小体不稳定以至于很容易分开
组蛋白脱乙酰酶（Histone Deacetylase）：去除乙酰基团的酶，能稳定核小体和阻止基因转录
组蛋白甲基化（Histone Methylation）：将甲基基团添加到组蛋白上，多数情况下导致异染色质状态和转录抑制
组蛋白甲基转移酶（Histone Methyltransferase）：催化组蛋白甲基化的酶
三胸蛋白（Trithorax）：结合到有活跃基因的核小体上维持这些基因的活跃状态
多梳蛋白（Polycomb）：结合致密的核小体将基因维持在一个抑制的状态
多腺苷酸化（Polyadenylation）
外显子（Exon）：编码一个蛋白质的一些部分的DNA区域
内含子（Intron）：间插在外显子之间与蛋白质上的氨基酸序列毫无关系的序列
启动子区域（Promoter Region）：部分含有TATA框结合基础或通用转录因子（TATA结合蛋白TBP）协助RNA聚合酶II在启动子上锚定
转录起始位点（Transcription Initiation Site）/帽序列（Cap Sequence）：能使转录后不久的RNA在5’端添加一个修饰的核苷酸帽，是第一个外显子的开始
5’非翻译区（5’Untranslated Region/5’UTR）/前导序列(Leader Sequence)：决定翻译起始的速度
翻译起始位点（Translation Initiation Site/ATG）：ATG翻译起始序列在所有基因中都是相同的
翻译终止密码子（Translation Termination Codon/TAA）：其他基因中翻译终止信号也可以是TAG或TGA密码子序列
3’非翻译区（3’Untranslated Region/3’UTR）：多腺苷酸化所必需的
转录终止序列（Transcription Termination Sequence）
核RNA（Nuclear RNA/nRNA）：最初的转录产物
核内不均一RNA（hnRNA）
前信使RNA（pre-mRNA）
顺式调控组件（Cis-Regulatory Element）：与基因处于同一条染色体的调控序列
启动子（Promoter）：RNA聚合酶II结合DNA序列以起始转录的一些位点
CpG岛（CpG Island）
基础转录因子（Basal Transcription Factor）：特异地结合CpG富含位点形成鞍状物招募和正确定位RNA聚合酶II
增强子（Enhancer）：控制一个特定启动子的转录效率和速度的DNA序列
沉默子（Silencer）：阻止启动子的启用和抑制转录的DNA序列
神经限制性沉默子组件（Neural Restrictive Silence Element/NRSE）：能在除了神经元以外的任何一个组织中阻止一个激活子的激活
神经限制性沉默因子（Neural Restrictive Silencer Factor/NRSF/REST）：结合神经限制性沉默子组件的一个转录因子
转录因子（Transcription Factor）：通过精确识别序列结合在启动子、增强子或沉默子上的蛋白质，招募一些能在这个区域拆散核小体的酶或稳定转录起始复合物启动一个基因
中介体（Mediator）：连接增强子和启动子
转录起始前复合物（Pre-Initiation Complex）
黏连蛋白（Cohesin）
转录延伸复合物（Transcription Elongation Complex/TEC）：打破中介体与RNA聚合酶II之间的连接从启动子上释放RNA聚合酶II使转录得以进行
转录延伸阻碍物（Transcription Elongation Suppressor）：如负延伸因子阻止转录延伸复合物与聚合酶结合使RNA聚合酶II暂停准备接受一个新的发育信号
协调性基因表达（Coordinated Gene Expression）：由于一些增强子结合了一些转录因子细胞特异性基因同时表达
DNA结合域（DNA-Binding Domain）：转录因子上用于识别增强子上特定的DNA序列的结构域
反式启动域（Trans-Activating Domain）:与一个基因的启动子或增强子结合时启动或抑制该基因的转录的结构域
蛋白质相互作用域（Protein-Protein Domain）:使转录因子的活性收到TATA结合蛋白联结因子或其他转录因子的调节的结构域
绝缘子（Insulator）： 限制增强子启动基因表达的范围，调节基因表达边界的确立
先锋转录因子：打破沉默，穿入被抑制的染色质结合增强子DNA序列
主调节转录因子/主调节物（Master Regulator）：在一种细胞类型特化的初期表达，调节这种细胞类型特异的基因表达，能将一个细胞的命运指引向这种细胞类型
诱导多能干细胞（Induced Pluripotent Stem Cell/iPSC）：被诱导而具备多能干细胞能够产生胚胎的任何细胞类型的作用的细胞
基因调控网络（Gene Regulatory Network/GRN）：特化细胞类型的基因之间的彼此联系
染色质免疫沉淀及测序（Chromatin Immunoprecipitation-Sequencing/ChIP-Seq）：用已知的转录因子作为诱饵来鉴定特异DNA识别序列的技术
高CpG含量启动子（High CpG-Content Promoter/HCP）：通常存在于发育调控基因，调节一些转录因子及其他用于构建生物体的发育调控蛋白的合成，默认开启并且必须被组蛋白甲基化活跃地抑制
低CpG含量启动子（Low CpG-Content Promoter/LCP）：通常存在于蛋白质产物显示成熟细胞特征的基因上，默认关闭但能被转录因子启动
5-甲基胞嘧啶（5-Methylcytosine）：阻止转录因子与增强子的结合，招募一些促进组蛋白甲基化或脱乙酰化的蛋白质稳定核小体阻止转录
DNA甲基化图式的遗传继承
基因组印记和DNA甲基化
差异性RNA加工（Differential RNA Processing）：在mRNA前体上将不同组合的潜在外显子剪接成编码不同蛋白质的信使RNA
剪接异构体（Splicing Isoform）： 被同一基因编码的不同蛋白质
核RNA可变剪接（Alternative nRNA Splicing）：从一个基因产生多种蛋白质的方式
共有序列（Consensus Sequence）：多数基因在内含子的5’和3’端含有的共有序列作为内含子的剪接位点
剪接体（Spliceosome）：结合到剪接位点完成RNA的剪接
剪接因子（Splicing Factor）：与核小RNA（snRNA）组成剪接体的蛋白质，结合到剪接位点或其附近
剪接增强子（Splicing Enhancer）：在RNA的切割位点上促进剪接体的组装
剪接沉默子：把一个外显子从mRNA序列上排除出去
Hu蛋白(Hu Protein)：在神经系统发育过程中，参与稳定两类mRNA的RNA蛋白，一类mRNA编码使神经元前体细胞停止分裂的蛋白质，另一类mRNA编码启动神经元分化的蛋白质
母体产物（Maternal Contribution）：卵母细胞储存的mRNA和蛋白质
掩蔽蛋白（Maskin）：与分别处在5’和3’端的其他两个蛋白质结合将mRNA连接成一个环
细胞质多腺苷酸化原件结合蛋白（Cytoplasmic Polyadenylation-Element-Binding Protein/CPEB）
微RNA（MicroRNA/miRNA）：与特定转录物互补的短反义RNA
RNA干扰（RNA Interference）：通过微RNA降解它们结合的mRNA来抑制特定基因表达的方法
RNA诱导沉默复合物（RNA-Induced Silencing Complex/RISC）：微RNA的双链茎环结构被一组RNA酶加工后产生的单链微RNA被一系列蛋白包装而成，阻止起始因子或核糖体结合mRNA或招募消化mRNA的内切核酸酶抑制翻译
mRNA定位：扩散和局部锚定、局部保护、沿细胞骨架主动运输
整体原位杂交（Whole Mount In Situ Hybridization）：利用mRNA的单链特性在细胞中导入一个互补配对的序列将靶mRNA显示出来。
染色质免疫沉淀及测序（ChIP-Seq）：建立在两个高度特异的相互作用上，转录因子或被修饰的核小体与特定DNA序列的结合以及抗体分子与所研究的转录因子或核小体的特异结合
转录组测序（RNA-Seq）
正向遗传学（Forward Genetics）：一个生物被一种诱变剂处理后引起无偏倚性和随机性的突变，然后筛选一些影响发育的表型
反向遗传学（Reverse Genetics）：已经有一个关注的基因，再去敲减或敲除那个基因的表达
CRISPR/Cas9基因编辑技术：应用了自然发生在原核生物中抵御入侵病毒的一个防御体系，成簇的规律间隔短回文重复序列上有一些短的区域被转录成RNA时能作为向导sgRNA来识别病毒的DNA片段，还能结合Cas9内切核酸酶
得失位（Indel）:DNA碱基的插入或缺失
第四章·细胞之间的信息传递——形态发生的机制
形态发生（Morphogenesis）：高度组织化的形态构建
近分泌信号传递（Juxtacrine Signaling）：一个胚胎中细胞之间的信息传递可以发生在短距离内如直接接触的临近细胞之间
旁分泌信号传递（Paracrine Signaling）：通过分泌到细胞外基质的蛋白质进行远距离的信息传递
配体（Ligand）：被一个细胞分泌出去并被用来在另一个细胞中传递一个反应的信号蛋白
受体（Receptor）：在细胞膜上用于结合其他膜联结的蛋白质或信号蛋白的蛋白质
同亲和结合（Homophilic Binding）：在一个细胞上的膜受体结合另外一个细胞上的相同受体
异亲和结合（Heterophilic Binding）：发生在两个不同类型的受体之间
选择性亲和力（Selective Affinity）：外胚层的内表面与中胚层细胞有正亲和力，与内胚层有负亲和力，而中胚层与外胚层和内胚层细胞都有正亲和力
差异黏附假说（Differential Adhesion Hypothesis）：基于热动力学原理解释细胞分选图式的模型
钙黏着蛋白（Cadherin）：钙依赖黏附分子，与邻近细胞上其他钙黏着蛋白相互作用的跨膜蛋白；细胞外结构将上皮细胞黏附在一起，与肌动蛋白细胞骨架相连接并协助其组装为片状和管状结构提供机械力，被用于启动和传递信号使细胞中基因表达发生变化
联蛋白（Catenin）：锚定钙黏着蛋白在细胞内，形成典型的黏着连接将上皮细胞维持在一起
上皮钙黏着蛋白/上皮钙黏素（E-cadherin）：表达在所有哺乳动物的胚胎细胞甚至表达在合子期
径向嵌差（Radial Intercalation）:深层的上胚层细胞径向嵌差到更表面的上胚层细胞，对原肠胚形成过程中的外包运动有促进作用
胎盘钙黏着蛋白/钙黏素（P-cadherin）：主要表达在胎盘，有助于胎盘与子宫的黏附
神经钙黏素（N-cadherin）：高度表达在发育中的神经系统细胞并且可能参与介导神经信号
R型钙黏着蛋白（R-cadherin）：视网膜钙黏着蛋白，对视网膜的形成至关重要
原钙黏着蛋白（Protocadherin）：缺少通过联蛋白与肌动蛋白细胞骨架的连接，表达类似的将运动过程的上皮细胞维持在一起，表达异类的将不同组织分隔
细胞外基质（Extracellular Matrix）：由细胞分泌的一些大分子组成的不溶性网络（基质蛋白如胶原蛋白、蛋白聚糖以及各种特殊糖蛋白分子如纤连蛋白和层粘连蛋白）
蛋白聚糖（Proteoglycan）：由核心蛋白与一些糖胺聚糖多糖侧链共价连接而成，对传送旁分泌因子有重要作用
纤连蛋白（Fibronectin）：由众多细胞类型合成的非常大的糖蛋白二聚体，作为一个广谱的黏附分子将细胞连接在一起或连接到其他细胞外基质如胶原蛋白和蛋白聚糖，也能铺成一些迁移细胞的道路
层粘连蛋白（Laminin）+IV型胶原蛋白（Type IV Collagen）=基底膜(Basal Lamina)
整联蛋白：整合一些细胞外和细胞内支架蛋白使它们协同发挥作用，也能从细胞外向细胞内传递信号使基因表达发生变化
脱落凋亡（Anoikis）：脱离后的特殊类型的细胞凋亡
上皮到间充质转换（Epithelial-Mesenchyme Transition/EMT）：一个使上皮细胞转变成间充质细胞的有序系列事件，过程中一个通过基部表面与基底膜互作的极性化静态上皮细胞变成迁移性的间充质细胞侵入到其他组织在新的位置说明器官的形成
诱导（Induction）：发生在两种或多种具有不同经历和特性的细胞和组织之间的相互作用
诱导物（Inducer）：一个组织能产生一种或几种改变另一个组织的细胞行为的信号
旁分泌因子（Paracrine Factor）：一个或一组细胞分泌的蛋白质具有改变邻近细胞的行为或分化的能力
应答物（Responder）：受诱导的组织或细胞
感受态/反应能力（Competence）：应答特定诱导信号的能力
视泡（Optic Vesicle）
相互诱导（Reciprocal Induction）：诱导物反过来又被诱导（一个结构不需要完全分化就能行使一种功能）
指令性相互作用（Instructive Interaction）：来自诱导性细胞的一个信号对应答细胞启动新的基因表达是必要的
容许型相互作用(Permissive Interaction)：应答组织早已被特化只需要一个能使它呈现特征的环境
诱导的区域特异性 器官类型的特异性通常受控于间充质
诱导的遗传特异性 物种特异性通常受控于应答的上皮组织
趋化物（Chemoattractant）：通常是一些扩散性分子，能吸引一个细胞沿逐渐升高的浓度梯度向分泌这个因子的源头迁移
近分泌相互作用（Juxtacrine Interaction）：一个细胞表面的膜蛋白与相近细胞表面受体蛋白相作用
旁分泌相互作用（Paracrine Interaction）：一个细胞合成的一些蛋白质在短距离内扩散并能诱导一些邻近的细胞改变状态
自分泌相互作用（Autocrine Interaction）：分泌一些旁分泌因子的细胞自身也应答这些因子
形态发生素（Morphogen）：属于扩散性的生化分子，能通过其浓度来决定一个细胞的命运
信号转导级联反应（Signal Transduction Cascade）：针对旁分泌因子所产生的应答途径
受体酪氨酸激酶（Receptor Tyrosine Kinase/RTK）：细胞外区域与一个旁分泌因子结合后产生构象变化通过细胞膜传导至细胞内改变细胞内结构域构象使之具有能够利用ATP对一些特殊蛋白的特定酪氨酸残基进行磷酸化的酶活性的受体
成纤维细胞生长因子（Fibroblast Growth Factor/FGF）
成纤维细胞生长因子受体（Fibroblast Growth Factor Receptor/FGFR）
受体酪氨酸激酶途径（RTK Pathway）：一个FGFR结合一个FGF配体后并且只有在它结合配体后休眠状态的激酶被启动然后在应答细胞内磷酸化一些蛋白质包括其他的FGFR
鸟嘌呤核苷酸交换因子（GTP Exchange Factor/GEF）/鸟嘌呤核苷酸释放因子（Guanine Nucleotide Releasing Factor/GNRF）：催化GDP与GTP的交换
GTP酶启动蛋白（GTPase-Activating Protein/GAP）：与Ras蛋白水解GTP产生GDP
JAK激酶（Janus Kinase/JAK）
信号转导及转录启动蛋白（Signal Transducer And Activator Of Transcription/STAT）
Hedgehog家族（以形态发生素的方式起作用）
Wnt家族（将信号传递至细胞核以及导致细胞质的变化影响细胞功能、形态和行为）(β-联蛋白、平面细胞极性、钙离子)
糖原合成激酶-3（Glycoge Synthase Kinase 3/GSK3）
转化生长因子-β超家族（TGF-β Superfamily）：调节发育过程中一些最重要的互作事件，包括TGF-β家族、Nodal和启动蛋白家族、骨形态发生蛋白、Vgl家族以及其他一些蛋白质
转化生长因子-β家族（Transforming Growth Factor-βfamily）：对调节细胞之间的细胞外基质形成和调节细胞分裂有重要作用
骨形态发生蛋白家族（BMP Family）：成熟多肽具有7个保守的半胱氨酸，具有诱导骨形成、参与调节细胞分裂、细胞凋亡、细胞迁移、细胞分化（BMP1不是骨形态发生蛋白家族而是一个蛋白酶）
Nodal和启动蛋白（Activin）：对特化不同区域的中胚层以及区分脊椎动物体轴的左右侧有重要作用
Smad家族
内吞体（Endosome）
片足（Lamelipodium）:不对称分裂过程中，始祖细胞腹前侧形成的局部突起，富含肌动蛋白
细胞突触桥（Cytoneme）：从靶细胞或从产生信号的细胞上延伸出很长的距离（大于100μm）就像连接两种细胞类型的长细胞膜管道的特殊丝足状突触
Notch蛋白：结合以Delta蛋白为代表的一个家族的配体，可视为一个被绑定在细胞膜上的转录因子
细胞黏附因子（Cell Adhesion Molecule）：如钙黏着蛋白
肝配蛋白受体（Eph Receptor）
肝配蛋白配体（Ephrin Ligand）
阴门前体细胞（Vulval Precursor Cell/VPC）：前体时期形成阴门
锚细胞（Anchor Cell）：连接上部的生殖腺和阴门前体细胞
均等组（Equivalence Group）
侧抑制（Lateral Inhibition）：两个细胞之间由于偶然性造成最初差异被反馈作用所加强的限制邻近细胞命运的机制
第五章·干细胞——干细胞的潜能和微环境
干细胞（Stem Cell）：既有保持分裂和自我复制的能力，也具有产生更为分化类型的子代的能力
自我更新（Self-Renewal）：细胞在分裂时产生一个自身的复制品
单干细胞不对称性（Single Stem Cell Asymmetry）：每一次分裂时产生两种类型细胞（一个干细胞和一个发育命运定型的细胞）
群体不对称性（Population Asymmetry）：一些干细胞更倾向于产生分化的后代被另一些进行对称分裂以维持干细胞储备的细胞所补偿
全能性（Totipotent）：具有产生一个谱系的所有细胞类型的能力
多能性（Pluripotent）：能产生胚胎谱系（躯体和生殖细胞）所有细胞
胚胎干细胞（Embryonic Stem Cell）
局限多能性（Multipotent）：能为其所在的组织产生局限性的细胞类型
成体干细胞（Adult Stem Cell）
祖细胞（Progenitor）/过渡性扩增细胞（Transit-Amplifying Cell）：在分化前只能分裂几次
前体细胞（Precursor Cell）/前体（Precursor）：广泛的代表一个特定谱系的任何祖先细胞类型（包括干细胞和祖细胞）
单能干细胞（Unipotent Stem Cell）：一些成体干细胞在生物体内只产生一种细胞类型
干细胞微环境（Stem Cell Niche）
内细胞团（Inner Cell Mass/ICM）：发育成上胚层（变成胚胎）及一层原始内胚层（卵黄囊）
滋养外胚层细胞（Trophectoderm Cell）：和原始内胚层形成胚外结构即胎盘的胚胎部分、绒毛膜和卵黄囊
囊胚腔（Blastocoel）
成体干细胞微环境（Adult Stem Cell Niche）
聚集中心（Hub）：精子干细胞所处的调节性微环境
生殖干细胞（Germ Stem Cell/GSC）
精原母细胞（Gonialblast）：是一个命运定型的祖细胞，将进行分裂而变成精子细胞的前体
卵巢管（Ovariole）
原卵区（Germarium）：每个卵巢管里都含有相同数量的生殖干细胞（通常是每个管里有两个）和一些体细胞类型，这些体细胞构成的干细胞微环境
成包囊细胞（Cystoblast）：远离干细胞微环境时开始成熟并分化成一个被滤泡细胞环围的卵母细胞
神经干细胞（Neural Stem Cell/NSC）
颗粒下层区（Subganular Zone/SGZ）
室管膜-室管膜下区（Ventricular-Subventricular Zone/V-SVZ）
B型细胞：在室管膜-室管膜下区发育过程中由放射状胶质样的神经干细胞过渡而来